Matka, Giuseppa De Nunzio była kobietą bardzo pobożną. Ojciec Pio został ochrzczony w kościele Matki Boskiej Anielskiej, położonym w górnej części Pietrelciny, zwanej „Zamkiem”.
Na chrzcie otrzymał imię Franciszek. Był piątym z ośmiorga dzieci, biorąc pod uwagę także dwoje zmarłych w wieku niemowlęcym i jedno poronienie. Od wczesnych lat pomagał rodzinie w ciężkiej pracy na roli, a przede wszystkim przy wypasie owiec. Kiedy poczuł powołanie do życia zakonnego we wspólnocie ojców kapucynów, jego ojciec z radością podjął się pokrycia kosztów studiów i wyemigrował w tym celu do Ameryki.
Po ukończeniu piętnastu lat, Franciszek został przyjęty do nowicjatu w Morcone, gdzie 22 stycznia 1903 r. przywdział habit świętego Franciszka, przyjmując imię brat Pio. Słabe zdrowie zmuszało go jednak do przeplatania życia zakonnego okresami rekonwalescencji, spędzanymi w rodzinnej wiosce. Uważano go powszechnie za gruźlika do tego stopnia, iż obawiano się, że nie dotrwa do kapłaństwa, a jeśli nawet, to nie będzie w stanie żyć w surowej regule św. Franciszka. Silną wolą Ojciec Pio przezwyciężył jednak wszystkie trudności i 10 sierpnia 1910 r. otrzymał święcenia kapłańskie w katedrze w Benevento.
Jego zdrowie było nadal bardzo słabe, dlatego też – poza krótkimi okresami życia klasztornego – przebywał z woli przełożonych w swej rodzinnej wiosce.
W miarę swoich sił pomagał w pracy duszpasterskiej tamtejszemu proboszczowi, Don Salvatore Pannullo. Przełożeni z ojcowską troską obserwowali jego rozwój, utrzymując z nim częstą korespondencję, która odsłoniła przed nimi silę ducha tego bardzo młodego brata. Powołanie do wojska w listopadzie 1915 r. przerwało okres pobytu Ojca Pio w Pietrelcinie. W marcu 1918 r. Zwolniony został z wojska z powodu obustronnego odoskrzelowego zapalenia płuc.
Latem tego samego roku wrócił do San Giovanni Rotondo, by nigdy już stamtąd nie wyjechać. 20 września 1918 r. obdarzony został zjawiskiem nadzwyczajnym – stygmatami. Pojawiły się one już wcześniej, w roku 1910, w Piana Romana w okolicy Pietrelciny, jednak dzięki jego modlitwom pozostały niewidoczne. Teraz ukazały się znowu, tym razem już na stale, wywołując rozgłos. Wieść o świętości zakonnika rozeszła się po całym świecie.
Przybywali do niego tłumnie ludzie z wielu krajów, a Kościół i nauka stanęły wobec trudnego problemu. Pomimo tłumów, które go otaczały, ciekawości, polemik i sporów, Ojciec Pio z pokorą, wytrwałością i posłuszeństwem spełniał swe obowiązki duszpasterskie, zwłaszcza sprawowania Mszy św. oraz spowiadania wiernych. Spowiedzi stały się tak liczne, że zmusiły Ojca Pio do prowadzenia wyjątkowo męczącego trybu życia.
W ciągu kolejnych pięćdziesięciu lat w życiu Ojca Pio nie nastąpiły właściwie żadne zmiany: Msza św., spowiedź, spotkania z wiernymi potrzebującymi jego kierownictwa duchowego. Odwiedzały go w klasztorze znane osobistości: całe rodziny królewskie, mężowie stanu, wysocy dostojnicy kościelni, ludzie kultury i sztuki. Przybywały do niego tysiące ludzi wszelkich ras; wszystkim udzielał zdecydowanych wskazań dotyczących życia duchowego, ucząc napomnieniem i przykładem, że podstawą życia musi być modlitwa.
Korzyści płynące z jego przykładu – z jego poświęcenia na rzecz dusz ludzkich – były wprost niezliczone. Imponująca jest liczba osób, które zawdzięczają Ojcu Pio duchową przemianę. Niezliczone są również korzyści materialne uzyskane dzięki jego modlitwie. Zmarł 23 września 1968 r. w wieku 81 lat, podczas wykonywania swoich codziennych obowiązków. Jego nauka pozostaje jednak żywa.
Jezu, Maryjo i Józefie Święty, Wam oddaję duszę i ciało moje, bądźcie ze mną w chwili konania!” – ostatnie słowa Ojca Pio.
doznaję bólu”. Ojciec Pio prosił Pana Boga w modlitwie, aby znaki znikły. I tak się stało. Pozostały jednak niewidzialne. 20 września 1918 r. Ojciec Pio ponownie po ośmiu latach otrzymuje widzialne znaki Chrystusowych ran – stygmaty. Tak je sam opisuje: „Siedziałem na chórze po odprawieniu Mszy św., kiedy owładnęła mną jakaś ociężałość, podobna do snu. Wszystkie moje wewnętrzne i zewnętrzne zmysły, a także dusza pogrążyły się w nieopisanym ukojeniu. Kiedy trwałem w takim stanie, zobaczyłem obok tajemniczą postać, podobną do tej, którą widziałem już 5 sierpnia, z tą różnicą, że ta miała ręce, nogi i bok ociekające krwią. Widok ten przeraził mnie. Doznałem uczuć, których nigdy nie zdołam opisać. Poczułem, że umieram i umarłbym, gdyby Pan nie podtrzymał tłukącego się w piersiach serca. Kiedy tajemnicza postać znikła, spostrzegłem, że moje dłonie, stopy i bok przebity ociekają krwią. Proszę sobie wyobrazić mękę, jakiej wówczas doznałem i doznaję nieustannie każdego dnia. Rana serca krwawi obficie, zwłaszcza od wieczora w piątek do soboty rano”.
Jego konfesjonał był „katedrą miłosierdzia”.
„Gdy jestem z Jezusem utajonym w Najświętszym Sakramencie, bardzo mocno bije moje serce. Czasem wydaje mi się, że moje serce wyskoczy mi z piersi. Będąc przy ołtarzu, odczuwam niekiedy, że ogarnia mnie ogień i wprost nie potrafię tego opisać. I wydaje mi się, że z determinacją idę do tego ognia”.
Codzienna Eucharystia sprawowana przez 58 lat była sensem jego życia. Wstawał w środku nocy, aby się do niej przygotować. Po jej zakończeniu długi czas spędzał na modlitwie dziękczynnej. Nie było w kościele człowieka, który patrzyłby obojętnie na to, co działo się przy ołtarzu. Wielu kapłanów wyznało, że dopiero w San Giovanni Rotondo zrozumieli, czym jest Najświętsza Ofiara. Msza święta sprawowana przez ojca Pio trwała zazwyczaj ponad dwie godziny. Ludzie w napięciu śledzili każdy gest kapłana nie odczuwając upływającego czasu. Kapłan poruszał się powoli, jakby przygniatał go niewidzialny ciężar. Widać było, że cierpi.
To nie było zwykłe sprawowanie obrzędu, lecz prawdziwa Ofiara. Wszyscy, którzy w niej uczestniczyli mieli wrażenie, jakby naprawdę szli na Golgotę i stali u stóp Krzyża. Na czole Ojca Pio pojawiały się kropelki potu, z oczu płynęły łzy. Najtrudniejszy był moment Przeistoczenia. Zdarzało się, że przejmująca ciszę przerywał nagły szloch lub głośne wyznanie odzyskanej wiary. Widok przebitych dłoni unoszących Hostię wzruszał wszystkich. Kto choć raz uczestniczył we Mszy św. odprawianej przez Ojca Pio, nigdy tego nie zapomni.
Ostatnią Mszę św. Ojciec Pio odprawił w przeddzień śmierci, 22 września 1968 roku.
Również dr Sala, lekarz obecny przy śmierci Ojca Pio, dał świadectwo obecności tej miłej woni. „Kiedy ubierałem Ojca Pio w habit, który nosił przed śmiercią, nagle ogarnął mnie ten sam bardzo mocny zapach, jaki czułem tak wiele razy podczas moich prawie codziennych spotkań z bratem z Pietrelciny „. Przyjemny zapach świętości nie jest zjawiskiem całkiem nowym i dotyczącym tylko Ojca Pio. Również inni święci – choćby św. Teresa od Dzieciątka Jezus – posiadali łaskę roztaczania wokół siebie miłych woni.
Dziewczynkę zaprowadzono do słynnego okulisty, który musiał przyznać – choć z medycznego punktu widzenia było to nieprawdopodobne, bo oczom dziewczynki nadal brakowało źrenic – że dziecko rzeczywiście widzi!
Nie, generale! Czasem Ojciec Pio stawał się dziwnie „nieobecny”. Kto go dobrze znał, nie niepokoił, się tym faktem. Wiedziano, że zakonnik obok innych zdumiewających darów posiadał i ten – bilokacji – mógł mianowicie przemieszczać się na odległość i przebywać w dwóch miejscach jednocześnie.
Tę zdolność wykorzystał, by uratować od grzechu i śmierci włoskiego generała Cardone. Po przegranej bitwie ten nieszczęśliwy człowiek postanowił popełnić samobójstwo. Wszedł do namiotu i zabronił komukolwiek tam wchodzić. Zdumiał się bardzo, gdy nagle ujrzał przed sobą kapucyna, który zwrócił się do niego słowami: „Nie zrobi pan tego, generale!”. Oszołomiony wyskoczył z namiotu i wezwał wartownika: „Dlaczego pozwoliłeś wejść temu kapucynowi?” Żołnierz zdecydowanie stwierdził, że nikt do namiotu nie wchodził. Po wojnie, kiedy Ojciec Pio stał się sławny, generał dowiedział się, kto go uratował. Postanowił udać się po cywilnemu do San Giovanni Rotondo. Kiedy znalazł się w pobliżu o. Pio, ten rozpoznał go od razu i przesłał mu porozumiewawczy uśmiech!